Bộ môn Khoa học Đất được thành lập từ năm 1976 với tên gọi Bộ môn Nông hoá Thổ nhưỡng thuộc Khoa Trồng trọt cũ. Sau đó, Bộ môn được đổi tên thành Bộ môn Khoa học Đất từ năm 1992 thuộc Khoa Nông nghiệp. Năm 2003, Bộ môn được đổi tên thành Bộ môn Khoa học Đất và Quản lý Đất đai. Bắt đầu từ tháng 10/2022 bộ môn chính thức được đổi tên thành Khoa Khoa học Đất trực thuộc Trường Nông nghiệp - Đại học Cần Thơ.

Từ năm 2009, Bộ môn Khoa học Đất được tách ra từ Bộ môn Khoa học Đất và Quản lý Đất đai và trực thuộc Khoa Nông nghiệp và Sinh học Ứng dụng. Bộ môn phụ trách các ngành đào tạo đại học gồm: Khoa học Đất, Nông nghiệp Sạch; các ngành đào tạo sau đại học gồm: Cao học Khoa học Đất và Nghiên cứu sinh Khoa học Đất. 

 
Tập thể Bộ môn Khoa học Đất trong lễ kỷ niệm 50 năm thành lập trường Đại học Cần Thơ